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環境科學相關測序服務
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環境科學相關測序服務

產品報價:詢價

更新時間:2014/7/31 23:10:13

地:浙江

牌:圣庭生物

號:環境科學測序

廠商性質: 生產型,服務型,

公司名稱: 臺州市圣庭生物科技有限公司

產品關鍵詞:

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王先生 : (18767420037) (0576-81128101)

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宏基因組測序

宏基因組學(Metagenomics)又叫微生物環境基因組學、元基因組學。它通過直接從環境樣品中提取全部微生物的DNA,構建宏基因組文庫,利用基因組學的研究策略研究環境樣品所包含的全部微生物的遺傳組成及其群落功能。它是在微生物基因組學的基礎上發展起來的一種研究微生物多樣性、開發新的生理活性物質(或獲得新基因)的新理念和新方法。其主要含義是: 對特定環境中全部微生物的總DNA進行克隆,并通過構建宏基因組文庫和篩選等手段獲得新的生理活性物質;或者根據rDNA數據庫設計引物,通過系統學分析獲得該環境中微生物的遺傳多樣性和分子生態學信息。

16S/18S/ITS AMPLICONS測序

編碼微生物的核糖體小亞基rRNA的DNA序列在結構上分為保守區和可變區。保守區反映生物物種間的親緣關系,可變區反映物種間的差異。基于16S/18S/ITS rRNA基因信息的系統分類結果與基于全基因組信息的分類結果很相似,并且消除了克隆問題,可以綜合研究各個可變區,分析方法也相對成熟,所以目前16S/18S/ITS rRNA基因作為最常用的生物標志物,廣泛應用于微生物的系統進化、分類及多樣性研究中。現在利用高通量測序技術研究環境微生物多樣性的報道越來越多,這些系統的主要優點在于通量高,而且利用Barcoded PCR技術使得在一次運行中能同時進行多樣本的大規模測序,使測序成本大大降低。

目前引物的選擇很大程度上還是要根據經驗,沒有統一的標準,要根據測序平臺的測序長度而選擇適當的引物對。對于16S rRNA基因,我們推薦用515F/806R進行擴增,18S推薦用1391f/EukBr擴增,ITS1推薦用BITS/B58S3擴增。

Illumina HiSeq和MiSeq測序儀具有更高的通量,讀長則相對較短,新型的MiSeq測序儀可以產生300 bp的序列長度,一次可以測定200個以上的擴增子樣品,每個樣品可以得到2萬條以上的序列數,在微生物多樣性研究中具有很大的應用潛力。



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